共有しているファイルは暗号化されますか?

SharePoint/OneDrive for Businessに保管されたファイルは全て自動で暗号化(標準機能)されます。(2014年9月以降実装予定)
OneDrive for Businessの利用時には、PC上に同期したOneDrive for BusinessフォルダーとOneDrive for Business(クラウド)間での暗号化もされます。